Po nástupu do funkce hlavního velitele UPA Šucheviče docházelo v dosavadních jednotkách OUN–B a OUN–M k zásadním změnám. Až do té doby byla činnost těchto jednotek živelná a neorganizovaná a každý velitel řešil své problémy. Vrchní velitel UPA se svým štábem zpracoval směrnice pro vybudování regulérní ukrajinské armády na principech jednotného vedení a velení tak, jak tomu bylo v té době obvyklé u ostatních válčících armád. Většina velitelských kádrů UPA prošla náročným výcvikem u jednotek Abwehru a SS. Proto také byla při formování UPA převzata řada směrnic, nařízení a řádů uplatňovaných v německých ozbrojených složkách, upravených pro specifické podmínky UPA. Především byly stanoveny zásady vojenské organizace UPA, doplněné o civilně–správní oblasti řízené představiteli OUN, které řešily problémy místních správ a samospráv. Organizační struktura UPA byla následující:

Hlavním článkem UPA byly „kurině“, tj. prapory, které prováděly buď samostatné akce nebo působily v seskupení dalších praporů. Každý „kuriň“ měl 4–6 „sotní“, tj. rot. V každé z nich bylo zpravidla 120–200 vojáků (střelců). Roty se skládaly ze 3 až 4 čet a čety ze 3 až 4 družstev.

Nedílnou součástí každé kurině i sotně byly různé speciální skupiny, vlastní rozvědka a kontrarozvědka. Byla to „služba bezpeky“, která zajišťovala rozvědnou činnost, aby velitel jednotky získal potřebné zpravodajské znalosti o prostoru a obyvatelstvu, kam se měla ta, či ona jednotka přesunout. Do této služby bezpeky byli vybíráni velmi schopní, dá se říci i zpravodajsky erudovaní rozvědčíci, zpravidla absolventi středních nebo vysokých škol, kteří mimo ukrajinštinu ovládali více jazyků, především němčinu, ruštinu, polštinu, rumunštinu.

Další skupina tvořila tzv. „poleva žandarmerie“, kterou můžeme s trochou nadsázky považovat za jakýsi útvar vojenské kontrarozvědky, zajišťující bezpečnost jednotky zevnitř. Byli to zpravidla otrlí a ničeho se neštítící zabijáci, kteří za sebemenší přestupky benderovců nebo i civilních osob, používali těch nejbrutálnějších prostředků, včetně poprav.

Prapory i roty měly i své lékaře nebo alespoň zdravotníky, většinou Němce. Každý prapor měl nejméně dva řecko–katolické kněze – paruchy, kteří povzbuzovali jejich bojového ducha a udělovali jim rozřešení za jejich činnost. Velitelé praporů měli početnější štáby, které jim připravovaly podklady pro operačně taktické rozhodování prováděných akcí. Prapory měly i své materiálně technické zázemí. Vyčlenění pracovníci zajišťovali dodávky a opravy zbraní, přísun munice, potravin pro mužstvo i koně, opravu šatstva i obuvi a dodávky léčiv a zdravotnického materiálu. Několik pracovníků štábu praporu zajišťovalo i „kádrovou a personální“ problematiku praporu a jednotlivých rot. Vedli evidenci početního stavu jednotek, předkládali návrhy nadřízeným velitelstvím k povyšování velitelů i střelců, ustavování do vyšších funkcí, udělování vyznamenání aj.

Každý banderovský prapor nebo rota žily stejným životem jako většina frontových jednotek válčících armád za 2. světové války. Velitelský kádr UPA byl složen ze zkušených velitelů, z nichž řada byla absolventy středních a vysokých škol v Polsku i v SSSR. Velení UPA věnovalo mimořádnou pozornost výcviku a výchově jak základního kádru mužstva, tj. střelců, tak i nižších a středně velitelských kádrů. Postupně byla zřizována síť poddůstojnických a v omezeném rozsahu i důstojnických škol. Výcvik v těchto zařízeních lze srovnat jen s výcvikem amerických Rangers a jednotek SS. Od frekventantů vyžadoval maximum jejich fyzických i psychických sil. Jeho tvrdost nebo spíše brutalita s ním spojená, se vymykají našemu středoevropskému chápání účelu a poslání vojenské služby. A tak jen ti nejsilnější a fyzicky nejodolnější se dočkali úspěšného vyřazení a jmenování do velitelských funkcí.

Vystrojení jednotek UPA bylo velmi různorodé. Příslušníci některých jednotek i poddůstojnických škol nosili uniformy SS nebo WH. Další měli uniformy předválečné polské armády, uniformy vojáků RA, ukrajinské policie aj. Nováčci náborovaní z civilu měli zpravidla pouze vlastní civilní oblek. Všichni bez rozdílu nosili čepice s odznakem symbolu UPA „trojzubce“. Výzbroj jednotek byla též různorodá. Jednotky UPA disponovaly velkým množstvím pušek, samopalů, lehkých a těžkých kulometů, minometů, pancéřových pěstí. Některé měly i lehká děla, ukořistěné tanky, obrněná vozidla. Dále měly i své jezdecké oddíly. Základní kádr jednotek UPA tvořili zkušení a frontou ostřílení vojáci různých národností. Všechny střední a vyšší velitelské funkce byly obsazovány výhradně Ukrajinci.

V průběhu tvrdých bojů v letech 1943–1945, které jednotky UPA sváděly s prosovětskými ukrajinskými a polskými partyzány (armii ludowou), ale též s německými jednotkami a po přechodu fronty i s útvary RA, utrpěly jednotky UPA citelné lidské ztráty. Tyto nemohly ani zdaleka doplnit početné skupiny přeběhlíků z rozprášených divizí SS, jednotek WH i ukrajinské policie. Velení UPA se zpočátku pokoušelo získávat doplňky dobrovolným náborem Ukrajinců. Ten však nesplňoval očekávání, a proto bylo postupně přikračováno k radikálním opatřením, násilným odvodům mladých Ukrajinců, kteří pak procházeli tvrdým a náročným výcvikem ve výcvikových střediscích UPA.

Zde bych chtěl připomenout, že jednotky UPA způsobily v letech 1943–1945 citelné ztráty frontovým útvarům RA. Jak známo, v té době RA zahájila mohutnou ofenzivu s cílem rozdrtit agresora, vytlačit ho ze sovětského území a dobít ho v jeho vlastní zemi. Většina jednotek RA byla nasazena do přímých bojových akcí na sovětsko–německé frontě. V zázemí a na osvobozených územích Ukrajiny a Polska byly ponechány pouze menší týlové nebo výcvikové jednotky. Tuto situaci také banderovci náležitě využívali a zahájili neúprosnou partyzánskou válku jak proti těmto jednotkám, tak i vůči Ukrajincům a Polákům, kteří se rozhodli spolupracovat při obnově svého území se sovětskou a polskou vojenskou či civilní správou.

O síle a troufalosti banderovských jednotek svědčí přepad kolony štábu velitele frontu RA generála armády Vatutina dne 29.2.1944, při kterém zmíněný generál utrpěl těžká zranění, na která později zemřel. Příslušníci UPA získali z bojů proti sovětským partyzánům značné bojové zkušenosti, jež pak náležitě uplatňovali i na území Polska a později i Slovenska.

Jednotky UPA se již od počátku roku 1943 snažily hrát úlohu „třetí síly“. Tak např. jen na podzim roku 1943 uskutečnily 47 bojových akcí proti Němcům a 54 proti sovětským partyzánům. Poté, co se vojska RA dostávala na území západní Ukrajiny a východního Polska, se cílem úderů UPA stávaly i menší sovětské jednotky. Velení RA tak muselo neprodleně reagovat na tuto situaci a vyčlenit část vojenských sil pro boj s tímto zákeřným nepřítelem. V těchto úporných bojích hynuly stovky vojáků RA a to i v době, kdy fašistické Německo kapitulovalo.